(1)設備選型方面。制藥設備選型存在憑經驗選型(未經過實際計算、或者數據計算不足)、盲目追求先進性、物性數據考察不充分等問題，嚴重影響設備的實用性和經濟性。
　　(2)設備安裝及培訓方面。在制藥設備安裝過程中，往往重視施工進度，忽略施工質量，從而導致后期設備維護費用增加；此外，設備維修及操作人員培訓不足也給制藥設備管理及維護帶來隱患。
　　(3)管理及維護信息化投入不足。現今，雖然很多企業都很重視設備的管理及維護，也針對設備的維修記錄及基本參數做了一定的管理和記錄，但仍舊存在一些問題,如難以提供既往維修數據、缺少制藥設備的有效說明資料(如說明書、圖紙)等，這無形的增加了設備管理、維護及改造的難度。
　　(4)管理制度方面。缺乏有效的管理制度及方法，致使對制藥設備檢修人員管理不足，檢修人員工作缺乏規范性，給制藥設備管理及維護過程留下安全隱患。